Sejarah Badan Pendidikan Kristen Penabur tidak dapat dilepaskan dari sejarah Gereja Kristen Indonesia Jawa Barat yang sudah ada sejak zaman Belanda. Saat bersejarah yang penting dicatat ialah tgl. 19 Juli 1950 sebagai lahirnya Badan Pendidikan Tionghoa Kie Tok Kauw Hwee Khu Hwee Djawa Barat (selanjutnya disingkat BP THKTKHKH Jabar) berdasarkan Akte Notaris H.J.J. Lamers di Bandung yang diwakili oleh calon Notaris Tan Eng Kiam.
Pada tahun 1967, setelah lebih dari 25 tahun sebagai bangsa merdeka, rasa kebangsaan Indonesia makin menebal, sehingga pembangunan bangsa dan pembangunan karakter perlu mendapat wujud yang lebih nyata. Nama Badan Pendidikan yang memakai nama Cina perlu mendapat ganti nama sesuai dengan keadaan. Lebih-lebih setelah terjadi Gerakan 30 September 1965. Apa yang dilakukan oleh BAPERKI yang bersifat integratif, sudah tidak sesuai lagi dengan kegiatan yang dilakukan oleh golongan yang menghendaki asimilatif. Karena itu dipandang perlu untuk memperbaharui dengan pembuatan akte baru.
Sebagai lembaga pendidikan yang bernaung pada Gereja Kristen Indonesia, BPK PENABUR Jakarta akan terus berupaya untuk meningkatkan pelayanannya dalam dunia pendidikan. Peningkatkan pelayanan ini adalah juga sebagai komitmen BPK PENABUR Jakarta dalam mendukung pemerintah untuk mencerdaskan Bangsa Indonesia.
Peningkatan pelayanan menyeluruh yang dilakukan oleh BPK PENABUR Jakarta terintegrasi, baik secara kualitas maupun pengadaan fasilitas pendukung. Peningkatan kualitas yang dilakukan yaitu kualitas mutu siswa dan lulusan, serta kualitas dari sumber daya manusia yang ada, yaitu guru dan karyawan.
BPK PENABUR Jakarta juga menyadari bahwa untuk tercapainya kualitas tersebut, perlu didukung sarana dan fasilitas yang baik. Oleh karena itu BPK PENABUR Jakarta melakukan renovasi, dan juga membangun gedung-gedung sekolah baru di lokasi baru. Dengan demikian orang tua murid dapat menyekolahkan anaknya di lokasi terdekat dari rumah.
Begitu juga dengan para siswa yang dapat belajar dengan baik di gedung yang diperlengkapi dengan fasilitas pendukung yang baik pula. Sehingga melalui pelayanan yang terintegrasi ini, dapat meningkatkan motivasi belajar siswa yang pada akhirnya akan meningkatkan prestasi belajar siswa.
